Une endémie est une maladie fixe, enracinée dans une région, un pays, un continent. Cela suppose un réservoir de l’agent pathogène (bactérie, virus ou parasite) à partir duquel s’opère la contamination. Une pratique de la médecine curative individuelle apporte la guérison des sujets traités mais n’arrête en rien la diffusion de la maladie. Aussi, très tôt, les médecins du corps de santé colonial ont souvent du imaginer les méthodes de prévention applicables à la collectivité, visant à bloquer la transmission de ces maladies.

Le Service des grandes endémies s’est attaqué d’abord aux maladies mortelles ou invalidantes contre lesquelles il disposait de moyens efficaces : médicaments, vaccinations, insecticides, etc... Utilisables en médecine de masse. Le succès a été au rendez-vous et les combats contre peste, variole, lèpre, maladie du sommeil, tréponématoses, fièvre jaune et bien d’autres sont autant de victoires, même si certaines d’entre elles n’ont pas été totales. Mais il en est, parmi elles, qui relèvent aussi des conditions socio-économiques des populations. La lutte contre leur diffusion dépasse le cadre des possibilités de la seule médecine.