Les endémies parasitaires sont certainement le domaine où la pathologie tropicale est la plus riche et la plus originale. Un climat chaud et souvent humide constitue un milieu favorable à la survie des parasites ou de leurs oeufs ainsi qu’à la pullulation des insectes vecteurs. Une hygiène défectueuse est habituelle sous les tropiques, faute d’eau en quantité et qualité suffisantes.

Les parasites s’introduisent dans les organismes par des voies directes, le plus souvent digestive, quelquefois cutanées. Souvent, l’eau en est le véhicule, qu’il s’agisse des eaux de la nappe phréatique ou d’eaux de ruissellement car le péril fécal est omniprésent. C’est le cas de toutes les parasitoses intestinales et, en particulier, de la redoutable amibiase. Par la peau, pénêtre notamment l’agent de la bilharziose.

Plus dangereux encore les insectes piqueurs et suceurs qui sont de véritables inoculateurs de maladies, se chargeant de parasites à l’occasion d’un repas sur un malade et régurgitant les parasites au repas suivant chez un sujet sain. La biologie de la plupart de ces insectes nécessite aussi la présence d’eaux, stagnantes pour les transmetteurs du paludisme ou de la trypanosomiase, courantes pour ceux de l’onchocercose.