La recherche clinique est indissociable de la pratique médicale. Tout malade est unique mais, la plupart du temps, les signes qu’il présente peuvent être rattachés à des syndromes déja identifiés. Par contre, les premiers médecins coloniaux se trouvent devant des énigmes diagnostiques. Sans recours facile à un confrère plus qualifié et mieux équipé, leurs observations et leurs hypothèses explicatives sont souvent consignées dans des rapports qui n’ont jamais été publiés.

La première activité de recherche officielle et organisée passe par les instituts Pasteur d’outre-mer grâce à la complémentarité entre le Corps de santé colonial et l’institut Pasteur de Paris. Des sociétés médicales sont rapidement créées dans chaque territoire. Les travaux de recherche des médecins et pharmaciens y sont présentés et discutés. Une publication qui les rapporte est éditée. Sa diffusion participe à la formation continue des médecins isolés.

Après 1930, Le Corps crée ses propres centres de recherche dont le plein développement sera réalisé après la Deuxième Guerre mondiale. En Afrique, le centre Muraz s’attache à l’étude des grandes endémies, trypanosomiase en particulier, le centre Marchoux se consacre à l’étude de la lèpre, l’institut d’ophtamologie tropicale à celle des maladies oculaires, l’ORANA à celle des malnutritions.

Dans le même temps, l’école du Pharo ouvre ses propres laboratoires de recherche.

Les pharmaciens coloniaux sont, dès les premiers temps de la colonisation, impliqués dans des activités de recherche concernant l’identification des végétaux et des minéraux de ces immensités inconnues. Leur moisson de plantes tropicales utiles est abondante et précieuse en termes économiques.